乱糟糟的giggle

等位基因
一对染色体上的等位基因相结合成为基因型

DNA指纹图谱法的基本操作：从生物样品中提取DNA（DNA一般都有部分的降解），可运用PCR技术扩增出高可变位点（如VNTR系统，串联重复的小卫星DNA等）或者完整的基因组DNA，然后将扩增出的DNA酶切成DNA片断，经琼脂糖凝胶电泳，按分子量大小分离后，转移至尼龙滤膜上，然后将已标记的小卫星DNA探针与膜上具有互补碱基序列的DNA片段杂交，用放射自显影便可获得DNA指纹图谱。

假如DNA 顺序中的某个碱基发生了突变，使突变所在部位的DNA 序列产生（或缺失）某种限制性内切酶的位点。这样，利用该限制性内切酶消化此DNA 时，便会产生与正常不同的限制性片段。这样，在同种生物的不同个体中会出现不同长度的限制性片段类型，即限制性片段多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism ，RFLP ）。
实际上，在DNA 顺序中，存在着大量的单个碱基的替换，但用通常所用的技术只能检测出影响到限制性内切酶识别位点上的突变

琼脂糖凝胶分离DNA片度大小范围较广,不同浓度琼脂糖凝胶可分离长度从200bp至近50kb的DNA片段。琼脂糖通常用水平装置在强度和方向恒定的电场下电泳。聚丙烯酰胺分离小片段DNA(5-500bp)效果较好,其分辩力极高,甚至相差1bp的DNA片段就能分开。聚丙烯酰胺凝胶电泳很快,可容纳相对大量的DNA,但制备和操作比琼脂糖凝胶困难。聚丙烯酰胺凝胶采用垂直装置进行电泳。目前,一般实验室多用琼脂糖水平平板凝胶电泳装置进行DNA电泳。

不同的个体高变区内所串联重复的拷贝数相差悬殊
高变区两侧限制性内切酶识别位点的固定位置随高变区的大小而发生相对位移
Variable number tamdem repeat， VNTR．
又称小卫星DNA(minisatellite DNA)
由短重复单位(6-40bp)串联重复(6-100次以上)而成，多位于基因的非编码区，广泛分布。

VNTR多态性—分子标记—DNA指纹图（fingerprint）.
DNA指纹图谱，开创了检测DNA多态性（生物的不同个体或不同种群在DNA结构上存在着差异）的多种多样的手段，如RFLP（限制性内切酶酶切片段长度多态性）分析、串联重复序列分析、RAPD（随机扩增多态性DNA）分析等等。各种分析方法均以DNA的多态性为基础，产生具有高度个体特异性的DNA指纹图谱，由于DNA指纹图谱具有高度的异性和稳定的遗传性，且仍按简单的孟德尔方式遗传，成为目前最具吸引力的遗传标记

13.6.2 发酵类型
膳食纤维作为发酵底物，对人体有很大作用。在回肠造口模型中发现，低纤维膳食的人群，粪便的平均干重和能量分别是50g/d 和800kJ/d，而在高纤维膳食中这两个数值是88g/d和1700kJ/d(Langkilde and Andersson 1998)
膳食纤维对大肠功能的影响如排泄物的聚集，结肠pH的调节，及未消化食物的能量回收与其发酵类型直接相关(Cherbut 1995, Edwards 1995)
低纤维食物使大肠里结块增多，从而使便秘不容易发生，甚至可能降低结肠癌的发病率。
高膳食纤维通过代谢产物参与对结肠粘膜 (Bingham 1990, Cummings 1995, Higginson 1995, McIntyre et
al. 1993, Sakata 1995)，结肠功能 (Edwards 1995)，及肝和其他组织吸收后的活动的影响(Wolever 1993, Darcy-Vrillon and Due´e 1995, Demigne´ et al. 1995, Topping and Pant 1995)
它们对维持体内生态系统的平衡起着很大作用(Salminen et al. 1998)
此外，一些像寡聚果糖的纤维源可以选择性的促进体内有益菌的生长，包括双歧杆菌乳酸杆菌(Salminen et al. 1998, Van Loo et al. 1999)，它们应该是成人体内起着防御功能和免疫应答功能的最主要的两种有益菌。

不同的膳食纤维，其发酵程度和发酵速度并不一样(Table 13.12)
发酵底物，菌落及其活度，以及寄主本身(Fig.13.5)，都是控制发酵的因素。
微生物降解需要其他种类的存在于体内营养的链细菌。多糖降解型细菌将体内糖聚合体水解成小的片断以便糖化菌的利用。在这种情况，发酵程度和发酵速度是由纤维基质的物理结构(细菌到达底物要通过纤维的物理结构)和每个多糖的化学结构(Fig. 13.6) (Guillon et al. 1996)决定的。
二级组织中富含的纤维产物(麸皮，谷壳)
与组成软组织的纤维(水果，蔬菜)相比，其发酵程度要低。
可溶性多糖比细胞壁中不溶性多糖的发酵速度要快
多随机分支的多糖一般比分支少的多糖发酵程度要低
一些多聚糖如角叉菜胶和石莼聚糖不会被结肠细菌降解(Bobin-Dubigeon et al.
1997, Mathers et al. 1998)
我们知道细菌不具有降解自身的酶系统
多糖酶的合成一般会受底物作用位点暴露的

诱导，而被反映产物所抑制(Macfarlane and Degnan 1996)

另外，微生物群落的组成决定了发酵过程。
而不同的微生物群落，细胞内不同的数量密度，其组成是不同的(Macfarlane and Macfarlane 1993)。
能够水解多糖的主要细菌有类杆菌，双岐杆菌，瘤胃球菌属，一些种类的真细菌以及梭状芽胞杆菌
类杆菌具有最高的生化多样性，在微生物群落中占支配地位
一些底物(如菊粉，寡聚果糖)，比如益生素，可以选择性的促进结肠中受限的细菌的生长和活度
发酵终产物包括短链脂肪酸(SCFA)，主要是 醋酸，丙酸，丁酸和一些气体(H2，CO2，有些包括CH4)
不同类型的底物中，这三种短链脂肪酸的数量和摩尔比完全不同(Table 13.13)，单体的性质在决定短链脂肪酸上并不起主要作用。
无论与任何底物作用，短链脂肪酸的主要产物都是醋酸，果胶类物质中这种产率最高。
一般淀粉的丁酸产率很大
而阿拉伯树胶，瓜尔胶和低聚半乳糖的丙酸产率为最高。

Botham et al. (1998)指出不同的葡聚糖产成不同的短链脂肪酸；
纤维素的发酵产物主要是醋酸，豆类中淀粉产生较少的醋酸(47%)，而丁酸(36%)和丙酸(15%)产生较多

短链脂肪酸被吸收后，可以刺激糖和水的吸收，在结肠上皮细胞，肝脏和肌肉中发生反应。
丁酸是结肠细胞首选的底物，它可能参与了结肠癌的防护机制，醋酸只能在组织外血液中被检测到。
丙酸主要在肝脏中发生反应，而且主要与糖类和胆固醇的反应相关。
目前为止丁酸抗结肠癌的防护机制还没有个明确的解释，不过发现丁酸可能参与了大肠癌的
免疫预防过程，因为它提高了细胞增殖的免疫原性(Pierre et al. 1997; Perrin et al. in press)
这种影响足够抑制结肠膜的早期失常。
在更高级的防护机制中，
通过菌群对

从这方面看，丁酸素和益生素在未来非常有应用价值

抗性淀粉(RS) 因为其丁酸素的性质，正在被  大量研究
RS包括了不同性质的基质，这些基质的发酵的速率和程度不同
能在大肠末端发酵的RS成为研究的主要方向。
体内RS的研究会在很大程度上使发酵领域大大进展。
纤维的数量对于膳食应答十分重要，而如果我们能够了解纤维活性的机制，描述其来源和属性同样重要。
我们已经明确大量的大肠内反应机制的理化性质和发酵类型。
我们必须考虑，在做菜等过程中纤维的敏感性已发生变化。
我们也同样须考虑到，在消化道的不同位置其理化环境不同，纤维基质的内部发生什么样的变化。
我们需要更多这方面的数据。而且，我们还需要更好的以生理学的角度来测量理化性质的方法。身体特定部位的功能，健康状态和/或疾病减小的危险，我们需要建立起它们之间的关系。
而且，我们的大部分知识都是建立在模型纤维上的，而真实情况往往不是这样。
为明确纤维对身体的贡献，我们需要摄食和三餐的更多的数据。
13.7推荐的纤维摄入量
名叫"欧洲人的膳食纤维摄入"的文章于1993年在欧盟发表，以第92个成本收益分析的框架，
提供了欧盟不同成员国人们的纤维摄入的数据
数值是每天21到25.3g
这数据是用不同的摄取计算和分析方法获得的，所以对比很困难
而且并没有估计科技和功能目的食品里增加的纤维的贡献
我们主要由谷类、蔬菜、包括豆类植物和马铃薯来提供膳食纤维的摄入。
当然，国与国之间是不同的。
比如，谷类在北欧消耗最高，在南欧消耗最低。(Table 13.14)
必须是同一分析基础才能为不同国家的人提供纤维摄入的营养建议(Table 13.15)
根据世界卫生组织的提议，
Dupin建议法国人每天摄入30-40g膳食纤维
一些其他国家，如丹麦和瑞典，他建议低一些的摄入即每天25-30g
荷兰和美国则是每天2000kcal
我们的建议都是围绕纤维，
大部分时候，专家的建议和向导是定性的
如强调多吃水果和蔬菜及避免吃高脂肪的食物。相比精确的营养分配向导，我们更提倡多样的膳食。

13.8总结以及未来的趋势
在西方社会里，膳食纤维已经被承认是预防和调和疾病的重要食物来源。
在胃和肠道中，膳食纤维直接影响着除了新陈代谢外的各种生理活动。
通过食品附加功能，食品工业可以提高消费者的健康并且/或者降低疾病的发作率
不过目前对于公司的的一大难题是如何添加功能的同时保障食品的营养。往往二者不可兼得。(Fig. 13.7)
过去几年里，配料供货商致力于研究更好的提高纤维质量，这也部分决定了加入食物中的纤维能否提高食物的营养和品质。
我们需要更好地了解并且注意烹调的影响及纤维发生作用时的过程。
我们很高兴的看到，已经开发出很多具有特殊应用价值新一代纤维(将纤维修饰或者混合，使其具有更复杂的性质)
尽管如此，食品公司仍需建立和开发一条创新的道路来使膳食纤维更加产业化。
在食品中添加纤维，是一个需要经验广泛积累的过程。
我们还必须对膳食纤维开发一种机制预测模型

对生理功能行之有效的生物标志物及健康端点，对于精确证实这种食物是否真正有效是非常必要的
而富含纤维的食物一旦被证实有效，将对食品导向业做出重大的贡献。
降低体内胆固醇和肠道内微生物生态环境的平衡已经为食品业的成功指明了路线(Table
13.16)
对膳食纤维的研究已经持续了30年。
我们确信，关于膳食纤维和其底物的更深入的研究进展，一定会更好的促进营养食物的开发和大众健康的发展

哈哈

当上网成为一种奢侈

电脑竟显得弥足珍贵……

oi的whiskey几乎要把紧绷的弦融化掉，才发现不知道何去何从……

本文是ZJUS（浙大科学杂志）2006年发表的论文，大体内容如下
生物分子及大分子多聚体的电导率是当前研究一个很重要的课题,
本文著者研究发现：生物分子相互作用后,抗体的表面电导率会发生改变,这为免疫诊

断的应用提供了一种新的生物传感的概念。
固定在聚赖氨酸镀膜玻璃底物的抗体层表面电导率会随着抗体与其特定抗原形成复合

物而减少,而这种变化在单克隆和多克隆抗体中都被发现
单克隆小鼠免疫球蛋白与兔抗鼠免疫球蛋白相互作用而形成复合体以后，前者电阻会

从1.02×10?8 Ω?1 变至1.41×10?11 Ω?1   
文章提供了一个可能的电荷转移机制(图示3，具体没看懂)在生物分子如抗体抗原相互

作用后，电荷进行转移并进入特定位点。通过对VL区电荷的感应，可以放大信号。这

即前述的生物传感器的设计思路。

Article  New SpringerLink BETA Version
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  Journal of Zhejiang University - Science B
Publisher: Zhejiang University Press, co-published with Springer-Verlag GmbH
ISSN: 1673-1581
DOI: 10.1631/jzus.2006.B0683
Issue:  Volume 7, Number 9

Date:  September 2006
Pages: 683 - 685 
Science Letters
Demonstration of a new biosensing concept for immunodiagnostic applications based on change in surface conductance of antibodies after biomolecular interactions
Vashist Sandeep Kumar 1 , Kaur Inderpreet 2, Bajpai Ram Prakash 2, Bharadwaj Lait Mohan 2, Tewari Rupinder 3 and Raiteri Roberto 1

(1)  Department of Biophysical and Electronic Engineering, University of Genova, via Opera Pia 11A, Genoa, 16145, Italy
(2)  Biomolecular Electronics and Nanotechnology Division, Central Scientific Instruments Organization, Sector 30, Chandigarh, 160030, India
(3)  Department of Biotechnology, Panjab University, Sector 14, Chandigarh, 160014, India

Received: 3 July 2006  Accepted: 21 July 2006  

Abstract  We report an important observation that the surface conductivity of antibody layer immobilized on polylysine-coated glass substrate decreases upon the formation of complex with their specific antigens. This change in conductivity has been observed for both monoclonal and polyclonal antibodies. The conductance of monoclonal mouse IgG immobilized on polylysine-coated glass substrate changed from 1.02×10?8 Ω?1 to 1.41×10?11 Ω?1 at 10 V when complex is formed due to the specific biomolecular interactions with rabbit anti-mouse IgG F(ab′)2. Similar behavior was observed when the same set up was tested in two clinical assays: (1) anti-Leishmania antigen polyclonal antibodies taken from Kala Azar positive patient serum interacting with Leishmania promastigote antigen, and (2) anti-p21 polyclonal antibodies interacting with p21 antigen. The proposed concept can represent a new immunodiagnostic technique and may have wide ranging applications in biosensors and nanobiotechnology too.
Key words  Immunodiagnosis - Antibodies - Immune complex - Conductance

CLC number  Q81
生物分子及大分子多聚体的电导率是当前研究一个很重要的课题,这篇文献
科学界发现了生物分子相互作用后,抗体的表面电导率会发生改变,这为免疫诊断的应用提供了一种新的生物传感的概念
固定在聚赖氨酸镀膜玻璃底物的抗体层表面电导率会随着抗体与其特定抗原形成复合物而减少,单克隆和多克隆抗体中都发现了这种变化
如果一条多链
单克隆小鼠免疫球蛋白与兔抗鼠免疫球蛋白相互作用而形成复合体以后，前者电阻会从1.02×10?8 Ω?1 变至1.41×10?11 Ω?1   
文章提供了一个可能的电荷转移机制